1) โครงสร้างสถาบัน
จากการที่คณะกรรมการมูลนิธิ มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม เพื่อเป็นกลไกหลักในการดูแลและบริหารจัดการโรงเรียนคุณธรรมที่สมัครเข้ามาในโครงการนั้น เพื่อให้การดำเนินการต่างๆ บรรลุตามเจตนารมณ์ของคณะกรรมการมูลนิธิในการจัดตั้งสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม จึงได้ดำเนินการออกแบบโครงสร้างองค์กร โครงสร้างภารกิจ และโครงสร้างบุคลากร ให้มีความสอดคล้องกับการดำเนินงานต่างๆ ตามวิสัยทัศน์ พันธกิจ และเป้าหมายที่กำหนดไว้
2) โครงสร้างองค์กร
สถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม เป็นหน่วยงานภายใต้สายงานพัฒนาความยั่งยืนของสังคม กลุ่มบริษัทพรีเมียร์ โดยมีคณะกรรมการสถาบันทำหน้าที่กำกับและดูแลนโยบายการดำเนินงานในภาพรวมของสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม ดังแผนภาพ
แผนภาพที่ 1 โครงสร้างการบริหารของสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม
3) โครงสร้างภารกิจ
ภารกิจหลักของสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม ประกอบด้วย 2 ส่วนหลักคือ งานวิชาการ และงานบริหารโครงการ ดังนี้
3.1) งานบริหารโครงการ
1.ดำเนินการประสานงานติดต่อโรงเรียน การนัดหมายประชุมผู้ทรงคุณวุฒิ การจัดอบรมต่างๆ
2.การประสานนิเทศอาสา ประสานการลงพื้นที่ การเข้าพื้นที่
3.บริหารจัดการด้านการเงินให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสถาบัน
4.พัฒนาระบบฐานข้อมูลโรงเรียน รวบรวมและวิเคราะห์นำมาสรุปผลเป็นรายงาน
5.ผลิตสื่อประชาสัมพันธ์ ข่าวสาร และกิจกรรมของสถาบัน
3.2) งานวิชาการ
1.พัฒนากระบวนการฝึกอบรม และเนื้อหาสื่อประกอบการเรียนรู้ รวมถึงการกำหนดแผนการฝึกอบรม
2.บริหารจัดการองค์ความรู้จากโครงการ
3.พัฒนากระบวนการนิเทศ การลงพื้นที่ติดตามโรงเรียน รวมถึงประสานงานการลงพื้นที่ของส่วนกลาง
4.วิเคราะห์ข้อมูลเชิงปริมาณและคุณภาพจากการนิเทศทั้งหมด
5.สรุปผล และข้อเสนอแนะของกิจกรรม
แผนภาพที่ 2 โครงสร้างภารกิจของสถาบันพัฒนาโรงเรียนคุณธรรม